南明福王政权刚刚在南京建立时,何刚就忧国忧民,向福王上书。他说:“臣请陛下三年之内,不要修造宫室,百官不要修礼乐。要一日不停地搜罗天下人才。有智慧的人让他从事决策,廉洁的人让他去理财,勇敢的人让他去打仗御敌。国家仅奖赏这三方面的人。这样做就可以富国强兵,再强大的敌人也可以战胜。如果以专横跋扈之将去驾驭不受节制之兵,结果是空言收复失地,是站着不动却高喊前进。如果优游岁月,苟求偏安,那是将豪杰禁锢于民间,逼迫枭雄沦为盗贼,这样做是株守偏安以等待灭亡。要克服上述弊端的唯一办法就是国家不以浮文取士任官,要根据政绩任免官吏。这样有真才实学的人就都能为国家所用,而朝中的矛盾纷争也就自然少了。另外,朝廷要派遣使者奔赴各地去搜罗人才,发现人才多的人受上赏。这样豪杰枭雄都为国家所用,盗贼的首领自然就少了。东南地区人口过多,应向江北迁徙,国家应采取赐爵或赎罪之类的奖励政策,鼓励老百姓移居江北。这样举国的富豪都尽力从事农业生产,由之军饷也就有了保障。”
何刚的建议,不失真知灼见,但终不为朝中当权者所用。马士英又恨何刚与史可法关系密切,因而将他贬出京师去遵义任知府。