明崇祯(公元1628—1644年)初年,左都督毛文龙拥兵自重,率军驻扎于皮岛(岛在今渤海湾中)之上,不听调度,专制一方,杀降兵难民冒充敌人向朝廷请功,克扣军饷,贩买人参以饱私囊。崇祯元年四月,袁崇焕任兵部尚书兼右付都御使,负责蓟州(故治所在今天津蓟县境内)、辽东军务。毛文龙不受袁崇焕的节制,与之分庭抗礼。袁崇焕决心要除掉毛文龙,但毛有部卒数万,稍不慎就会引起兵变,后果不堪设想。所以斩毛文龙,不能强取,只能计除。经过反复考虑,袁崇焕决定借阅兵机会拔掉毛文龙这根钉子。崇祯二年(公元1629年)元月初五,袁崇焕邀请毛文龙到双岛阅兵,观看将士射箭。毛文龙到来前,袁崇焕先在双岛山上设帐幄,命令参将谢尚政领甲兵埋伏在帐外。毛文龙到达山脚下时,袁崇焕的守卫仅让其随从官员上山,其亲兵不给进。袁崇焕对毛文龙说:“我明天早上就要离开海岛回任所去,海上的军务就拜托你了,请你受我一拜。”袁崇焕向毛文龙深深一揖。毛文龙回礼后,两人一道登山。途中,袁崇焕问毛文龙随从官员的姓名,回答多姓毛。毛文龙说:“他们都是我的孙辈。”袁崇焕笑而不答,接着对其随从官员说:“你们长年驻守海上,每月军饷仅一斛米,说起来令人痛心。你们为国尽力,请受我一拜。”众官员慌忙顿首谢恩。上山进入帐幄后,袁崇焕斥责毛文龙多次违抗军令,毛文龙抗争辩解。袁崇焕脸色一沉,喝令左右摘除毛文龙的冠带,将他捆起来,毛文龙倔强反抗。袁崇焕桌子一拍,声色俱厉地数说了毛文龙犯下了12条当斩之罪。毛文龙听后吓得魂不附体,一个劲地磕头乞求饶命。袁崇焕召入毛文龙的随从官员,告诉了他们毛所犯的罪行,接着问他们:“毛文龙该不该斩首?”众官员被吓呆了,都连声说:“是,是。”但也有人说毛文龙多年劳苦,请求宽免。袁崇焕斥责道:“毛文龙一介布衣,官到极品,满门受封,这足以补偿他的劳苦,他为何叛逆朝廷到如此地步!”接着袁崇焕又说:“我今天斩毛文龙以严肃军纪。诸将中如有像毛文龙的,格杀不赦。”于是取尚方宝剑将毛文龙斩首于帐前。紧接着袁崇焕走出来告诉诸将士:“仅斩首毛文龙,其他的人都无罪。”
当时在阅兵场及其周围,毛文龙的部队有几万人,但都被袁崇焕的威严镇住了,没有一个人敢动。袁崇焕命人将毛文龙的尸体装敛入棺,第二天一早他亲带祭品到灵堂上去祭悼毛文龙。袁崇焕在毛文龙的灵前说:“昨天杀你,是朝廷大法;今日祭你,乃僚友私情。”说着声泪俱下。接着袁崇焕将毛文龙的部队分成四协,命毛文龙之子毛承祚和付将陈继盛、参军徐敷奏、游击刘兴祚各领一协,然后犒劳海上诸岛的军士。毛文龙被杀后,他的部队在袁崇焕的指挥下,在反抗清军的战斗中,发挥了很大作用。