明崇祯十年(公元1637年)四月,熊文灿出任兵部尚书兼右副都御史,总理直隶(今河北)、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。当时起义军的主力在今湖北、江西、安徽的长江沿岸地区。熊文灿走马上任,在这一带布置军务。有一天他上庐山拜见高僧空隐。空隐将他迎进庙,坐定后,空隐开门见山说:“将军就任此职,是失误啊。”熊文灿令在场的人退下,请问失误在哪里。空隐说:“你自认为所统帅的军队足以制贼军于死地吗?”答道:“不能。”又问:“你的部将中有可以委托给他大任务,能独当一面,不烦你去指挥而能在战斗中取胜的人吗?”答道:“不知道。”空隐接着说:“既然这样,皇上把这一重大的职务委任给你,既对你寄予了厚望,又交给了你重大的责任,如果不能灭贼,将军有灭顶之灾啊!”熊文灿听后站在那里好久后说:“招降的策略怎么样?”空僧说:“我料想你必定要走这条道路。但是目前的贼军不比海上的盗寇。将军走这着棋,望慎之慎之。”后来事态的发展,果然应验了空隐和尚所说的话。开始是熊文灿的主力左良玉的部队桀骜不驯,不受朝廷委任的监军的节制,同时左良玉的部队又和粤军不和,对此熊文灿是无能为力。熊文灿明白,这样的军队与乌合之众无异,一遇起义军,必是望风而逃。在这种境况下,熊文灿决心招降,派人去张献忠等处劝降,并四处张贴招降告示。这时,杨嗣昌正在全力推行“四正六隅”的围剿计划,起义军屡屡受挫,在这种不利的情况下,为保存实力,张献忠、罗汝才等起义部队,都向熊文灿投降。熊文灿均接受不疑,并为张献忠等人向朝廷请官,请地。后来张献忠、罗汝才等又再度起义。崇祯大怒,将熊文灿逮捕下狱,于崇祯十三(公元1640年)年将其处死。