就像浙江历史上第一个唯物主义的无神论思想家王充批判形形色色的鬼神邪说与世俗迷信那样，黄宗羲对各种怪异现象也站在唯物主义无神论的立场上作了尽可 能符合科学的解释，并批判了各种世俗迷信，而他的唯物主义无神论的立场是立基于其自然观方面的气一元论哲学思想的，他认为，整个宇宙都是充满了气、由气构 成的，即所谓 通天地，亘古今，无非一气而已 （《宋元学案，濂溪学案，附太极图讲义》）， 天地间只有一气充周，生人、生物 （《孟子师说，浩然 章》）， 夫大化流行，只有一气充周无间 （《与友人论学书》），这个 气 是变化无穷、生生不息的，人的生死、草木的荣枯、万物的盛衰生灭，四时的交替 运行、气候的变化等都是由气主宰的，即所谓 气本一也，而有往来阖辟升降之殊，则分之为动静，有动静则不得不分之为阴阳 （《宋元学案，濂溪学案下》）， 一气之流行，无时而息 （《易学象数论，图书四》）， 草木之荣枯，寒暑之运行，地理之刚柔，象纬之顺逆，人物之生死，夫孰使之载？皆气之自为主宰也 （《明儒学案，崇仁学案三》），既然如此，则自然界的各种怪异现象都是 物理之自然 ，而非有人格意志的神佛上帝主宰的， 流行而不失其序，是即理也，理 不可见，见之于气；性不可见，见之于心：心即气也 （《孟子师说，浩然章》）。
在气一元论思想指导下，黄宗羲解释了各种怪异现象，批 判了无知妄说，例如，他批评学仙者（道教徒）私据名山奇洞而别生事端， 洞天福地之说出，猿鸟亦受驱役矣 ，批评释氏 庄严宫室遍于域中，又复以泉石灵响 佐其螺钹 ，并指出史书所谓海外三神山有仙人、不死之药及金银宫阙的说法不过是云气变化造成的海市幻象而已，并非真有其事，又如康熙年间，在余姚某农家之 牛产下一头像麒麟的怪兽，人们大惊小怪，争论不休，有的认为是祥瑞，有的认为是不祥之物，黄宗羲认为，这不过是当地特殊地理气候条件下因 和气之氤氲 而 出现的 物理之自然 ，不必大惊小怪，所以他写了一篇《获麟赋》，记其怪异，并批评了人们 唯陈言之是循 、 祥不祥之辨，徒为瞽说之纷纭 。
黄宗羲还特地写了一篇题名《七怪》的短文，对政治的、人生的、自然的七种怪现象冷嘲热讽，斥之为 魑魅魍魉 ， 青天白日，怪物公行 ，例如， 士之有 志节者，多逃之释氏 ，是 不欲为异姓之臣者，且甘心为异姓之子 ，此为一怪；如 神仙 本来子虚乌有，或为隐逸之徒，或为妖人，而 今之所谓神仙者，好 言人间祸福，作为隐语 ，不过是 皆持两可 之说的欺世盗名之徒罢了；如 葬地之说，君子所不道 ，而当今术士侈谈地理，妄言吉凶，误导别人择地改葬，对 此，黄宗羲批评说： （选）方位者，地理中之邪说也；三元白法（指历法的定数）者，又邪说中之邪说也。
凡此种种可以看出，黄宗羲的 科学思想，虽然有其时代的局限，但在他那个时代是站在知识分子前列的，正如一位研究中国科学哲学的学者所说：黄宗羲 在科学方面的成就当然比不上徐光启、 宋应星和徐霞客，因为他毕竟不是一个专业的科学家，在对科学与哲学之关系的理解上，他也远不如方以智那样透彻，但是黄宗羲又有他独特的长处，他比哲学家更 懂得科学，比科学家更懂得哲学，因此能从科学研究和哲学研究两方面同时走向科学思想的殿堂，特别是他与一切宗教迷信毫不妥协的科学精神，更使其他诸位大师 望其项背而莫及 ，这个评论符合历史事实，而且具有辩证观。