1.降将不肯理发，还保留着叛逆者的痕迹，狼子野心，恐难控制。
2.不肯解散手下的太平军，还要求总兵副将官职。
3.降众多达二十万，难以安置。
除了为杀降辩解外，李鸿章
还就与戈登的矛盾，进行了一番申辩。说戈登反对杀降是因为自己先将"常胜军"调回昆山，未让其攻入苏州，所以，戈登心怀不满，故意找茬儿。另外，淮军的翅膀硬了，可以独当一面，而"常胜军"除炸炮外，攻剿都不及淮军。的确，此时淮军人马已达五万，且其中三四万人装备了新式武器，而"常胜军"只有三千人，从实力上来讲，不是淮军的对手。
最后，李鸿章以退为进，说如果因为自己的行为破坏了"中外和好"的大局，那么就请朝廷处罚吧。
李鸿章的这两手果然奏效，朝廷下旨不仅明确支持他的所作所为，认为洋人不明事理，而且指责戈登心怀叵测。得到朝廷的大力支持后，李鸿章终于可以松一口气了。
另外，经过赫德等人的调解，英方认为维持与清政府的"和好"局面更符合自己的切身利益，主张让总理衙门处理这件事，从而制止了戈登的过激行为。
结果，朝廷不再追究杀降事件，还赏赐李鸿章太子少保衔。
攻克苏州，戈登的"常胜军"立下了汗马功劳，朝廷论功行赏当然少不了他的那一份，即赏银一万两。但戈登还在为杀降事件耿耿于怀，公开表示拒绝接受朝廷的赏赐，理由是由于攻占苏州后的大屠杀，他不能接受任何标志皇帝陛下赏赐的东西。
其实，戈登并非是人道主义者，而是一个杀人不眨眼的刽子手。与其说他痛恨杀降，还不如杀降不利于进一步诱降，损害了他的利益，所以才有了异议。
李鸿章一面向朝廷辩解，一面用银两犒赏"常胜军"。最终，被孤立的戈登只得作罢，只要求李鸿章发一文告，说明此事与他无关。李鸿章答应了戈登的要求，让双方都有了台阶下，最后，一场大风波总算就这样平息了。
在朝廷看来，太平军是最大的威胁，恨不得太平军都从地球上彻底消失，所以，杀降是被默许的。因为李鸿章把准了朝廷的脉搏，所以才平安化解了这次危机。